2009年2月1日起，《中华人民共和国海关进出口货物减免税管理办法》（海关总署第179号令，以下简称《办法》）正式施行。为便于广大相对人更好地理解《办法》，自觉履行相关义务，加强在办理进出口减免税业务中维护自身权利的能力，同时也为了进一步提高各级海关减免税业务执法水平，起草了《办法》解读。
       一、制定《办法》的必要性
       海关减免税管理是指海关根据有关法律法规和国家进出口税收优惠政策的规定，对可以减征或者免征关税、进口环节海关代征税（以下简称减免税）的进出口货物进行审批和进口后的监督管理。海关减免税管理工作具有较强的政策性，是海关关税工作的重要组成部分。经过多年实践，海关减免税工作已经初步建立起一套行之有效的管理制度和操作规范，但由于有关制度、规范分布在众多的规范性文件中，未形成一个系统性的部门规章，权威性和规范性不足。而且，随着我国社会经济的发展，各种新的经济现象和生产经营活动不断涌现，其中企业转制、股权变更、减免税设备抵押贷款等情况越来越多，现行有关规定并未涵盖上述内容，迫切需要对这些情况实施的海关管理行为进一步规范化，提高执法尺度统一性。另一方面，在执行减免税政策中强化对行政相对人权利的保障，明示行政相对人的义务，加强海关执法透明度，明确减免税申请办理程序和时限要求，也需要有较高层级的规章制度对有关内容予以明确。为此，依照《中华人民共和国海关法》（以下简称《海关法》）、《中华人民共和国进出口关税条例》（以下简称《关税条例》）及有关法律法规，制定了《办法》。 
       二、《办法》的框架结构与主要内容
      《办法》共分为七章54条。第一章总则（第一条至第五条），明确了《办法》的制定目的与依据、适用范围、管辖地原则、减免税申请人的办理资格等规定；第二章减免税备案（第六条至第十条），明确了减免税备案为部分减免税审批的前置要求、减免税备案申请程序、减免税备案受理规定等事项；第三章减免税审批（第十一条至第十八条），明确了减免税审批申请时限要求、申请提交材料要求、海关审核要求和《中华人民共和国海关进出口货物征免税证明》（以下简称《征免税证明》）的相关规定等事项；第四章减免税货物税款担保（第十九条至第二十五条），明确了税款担保申请条件、申请时限、海关受理税款担保申请的处理时限、税款担保延期申请规定等事项；第五章减免税货物的处置（第二十六条至第三十五条），明确了减免税货物进口后的海关监管要求、申请办理减免货物转让、移作他用、贷款抵押等事项；第六章减免税货物的管理（第三十六条至第四十九条），规定了减免税货物的监管年限、减免税申请人年度报告货物使用情况、减免税货物异地监管、出口退运、解除监管、补税以及减免税申请人主体变更的原则要求等事项；第七章附则（第五十条至第五十四条），明确了处罚规定、《办法》有关用语的定义、施行日期等内容。
        另外，办法中所列文书的格式由海关总署以公告形式对外公布。
        三、《办法》规范的内容
       除了极少数由有关法律法规规定的进出口减免税优惠措施外，目前我国正在执行的进出口减免税优惠措施大多数属于政策性减免税，即由国务院批准制定的进出口减免税优惠措施。进出口减免税优惠措施由海关负责具体实施，海关在执行减免税优惠措施时，既有实体的政策性问题，也有程序性问题。而政策性减免税规定主要由国务院根据社会经济发展形势、进出口贸易状况、社会福利事业发展、产业结构调整要求等因素制定的，这些减免税优惠规定在实施期限、优惠范围、优惠程度和优惠方式等方面发生调整的可能性较大，具有较大的不确定性。因此，《办法》主要是规范进出口减免税业务管理的相关程序，同时对各种减免税优惠措施普遍适用、且属于海关职权范围内执行进出口减免税优惠措施的实体内容（基本上为减免税货物进口后的管理要求)予以规范。
        四、《办法》的适用范围
       《办法》适用的对象首先是进出口货物，不包括行邮物品等各类进出境物品；其次是可以享受减征或者免征关税、进口环节海关代征税优惠待遇的进出口货物，不包括照章征税和保税货物；对于关税、进口环节增值税或者消费税税额在人民币50元以下的一票货物、无商业价值的广告品和货样等部分法律法规规定的减免税事项，按照《中华人民共和国海关进出口货物征税管理办法》（海关总署令第127号公布）规定，无需按照《办法》要求办理减免税审批手续，可以在进出口通关环节直接办理有关手续。
        五、关于减免税申请人的主管海关 
       出于便利减免税申请人向海关申请办理减免税手续，以及海关对减免税货物进口后方便开展后续监管的需要，《办法》明确了减免税申请人所在地海关为受理减免税申请的主管海关的基本原则。同时，与其它减免税事项相比，投资项目的建设情况较为复杂，为此，在《办法》第三条第二、三、四款专门就特殊情况下的投资项目减免税申请人的管辖地原则进行了明确，一是投资项目所在地与减免税申请人所在地海关不是同一海关的，由投资项目所在地海关负责受理减免税备案、审批申请；二是投资项目涉及多个海关的，由有关海关的共同上级海关（直属海关的共同上级海关为海关总署，隶属海关的共同上级海关为直属海关）指定受理减免税备案、审批申请的主管海关；三是投资项目由项目单位所属非法人分支机构具体实施的，在投资项目所在地办理工商注册登记的非法人分支机构获得项目单位授权后，投资项目所在地海关可以作为主管海关受理非法人分支机构的减免税备案、审批申请以及负责减免税货物进口后的后续管理。
       按照《办法》第三条第一款规定，如果减免税申请人确有特殊需要，申请将《办法》第三条规定的管辖地海关以外的海关作为主管海关的，经海关总署审核同意后，可以同意减免税申请人申请。
       根据海关总署的授权，直属海关可以直接办理减免税申请人的减免税备案、审批申请，以及实施后续管理。因此，《办法》中受理减免税备案、申请的海关原则上指直属海关。直属海关根据本关区的实际情况，将部分减免税事项下放到隶属海关的，主管海关可以是隶属海关，因此，受理减免税申请的主管海关具体为减免税申请人所在地哪一层级海关，由直属海关根据海关总署规定在职权范围内自行明确。
        六、减免税备案的管理要求
       《办法》规定对部分减免税事项实施备案管理，其目的是为了对减免税申请人的资格或者投资项目的合规性等情况进行事先确认，以及便于海关在减免税审批工作中实行减免税额度管理，避免减免税申请人在办理减免税手续中重复申请或重复提交资料，减轻减免税申请人负担。对于一事一议、短期性、未实行额度管理等减免税事项一般不需要经过备案环节。需要实施备案管理的减免税事项由海关总署通过公告或规范性文件形式予以明确，并根据政策调整及工作需要，不定期对实施备案管理的减免税事项范围进行调整。
       减免税申请人在申请进出口减免税货物前，应当事前了解拟进出口的货物是否需要进行减免税备案；需要备案的，应当在申请减免税审批前及时在主管海关办理相关手续，以免影响进出口货物享受相关优惠政策。
       七、减免税审批的管理要求
       狭义的减免税审批，是指海关对减免税申请人提出减免税申请的进出口货物进行审核，以确定相关进出口货物是否符合法律法规、国家政策规定的享受税收优惠政策的资格条件，并最终作出减免税或者征税决定的行为。《办法》还规定，减免税申请人应当在货物申报进出口前向海关提出减免税审批申请，取得《征免税证明》后再进出口货物才能享受到有关税收优惠政策。未在货物申报进出口前向海关申请办理减免税审批手续，在货物征税进出口后再申请补办减免税审批手续，减免税申请人的税收优惠资格会丧失（至少部分丧失），已征收税款不予退还。对于分批进出口货物的减免税申请人，部分货物征税进口后再申请办理减免税审批手续，虽然已进口货物被征收税款不予退还，但在取得《征免税证明》之后进口的货物仍可享受减免税优惠待遇。
       另外，从广义上来讲，《办法》第四、五、六章中关于减免税货物进口后，减免税申请人在海关监管期内保管、使用减免税货物过程中，由于国家政策、社会经济环境或自身经营情况发生变化，提出申请需要海关批准的事项，也属于海关减免税审批的范畴。
       八、海关受理减免税申请人申请的办理时限
       《办法》对海关受理减免税申请人的备案、审批以及后续管理中的审批申请的办理时限都作出了规定，即海关应当自受理之日起10个工作日内作出决定，但在遇到因政策规定不明确、涉及其他部门管理职责、需要对货物进行化验鉴定等特殊情形下可以延长办理时限。同时为了保障减免税申请人的知情权，《办法》还规定海关在遇到有关特殊情形时应当书面告知相对人不能在规定期限内作出决定的具体理由；并且为了最大程度地提高效率，维护减免税申请人利益，规定了在特定情形消除后，受理具体申请的主管海关应当按照规定时间及时作出决定。
       九、减免税货物税款担保的规定
       由于在进出口税收优惠政策的执行过程中，经常会遇到税收优惠政策已经国务院批准，但配合该项政策实施的具体执行措施尚未出台，或者是有些政策在执行中需要根据实际情况分年度审定货物的具体减免税范围、额度等情形，海关无法办理减免税审批手续；还有就是海关在办理减免税备案、审批过程中遇到因政策规定不明确、涉及其他部门管理职责需与相关部门协商、核实有关情况或者需要对货物进行化验、鉴定等情形下无法在《办法》规定的办理时限内作出审批决定。在上述情况下，减免税申请人由于项目建设、生产经营等原因急需进出口货物，同时为了避免对进出口货物直接征税造成减免税资格的丧失，《办法》规定了减免税申请人可以先凭税款担保先予办理货物放行手续的制度，既解决了减免税申请人急迫的进出口需求，又避免了其减免税资格的丧失。因此可以说减免税货物税款担保措施是一项保障减免税申请人权益的便利措施。
       同时为了规范税款担保措施的使用，防止税款担保措施被当作缓税措施滥用，《办法》还对减免税申请人申请凭税款担保先予办理货物放行手续作了严格的条件限定：对于税收优惠政策已经国务院批准但配套措施未出台的，需要海关总署确认申请人符合相关政策规定条件后才能申请办理；非政策因素情形则要求减免税申请人在向海关申请办理减免税手续前已经向相关单位办理完毕申请减免税所需的文件资料，已经符合海关受理其减免税申请的条件而且海关已经受理的，由于客观原因海关无法在规定时限内作出审批决定，减免税申请人才能申请办理；第三种则是经海关总署核定的特殊情况，主要是由于国家政策调整、国家重大工程项目或者因相关政府部门原因造成减免税申请人无法在货物进出口前取得相关文件资料进而无法向海关申请办理减免税手续等情形，需要海关总署综合考虑各方面因素给予特别支持的情况。
       十、减免税货物进口后的管理要求
       因减免税申请人在进口减免税货物时享受了税收优惠政策，因此，减免税货物进口后，减免税申请人只拥有有限的货物所有权，对减免税货物的使用和处置都是受到限制的。《办法》规定，“在海关监管年限内，减免税申请人应当按照海关规定保管、使用进口减免税货物，并依法接受海关监管”，“在进口减免税货物的海关监管年限内，未经海关许可，减免税申请人不得擅自将减免税货物转让、抵押、质押、移作他用或者进行其他处置”。如果减免税申请人要调整、改变减免税货物的用途或使用地点，或者要进行转让、抵押、移作他用等处置时，都需要事先向海关提出申请，并在取得海关核准后进行，否则将会被按违反海关监管规定予以处罚。
       另外，《办法》还规定，在海关监管年限内，减免税申请人发生分立、合并、股东变更、改制等主体变更情形的，权利义务承受人应当自营业执照颁发之日起30日内，向海关报告主体变更情况及原减免税货物的情况；因破产、改制或者其他情形导致减免税申请人终止，没有承受人的，原减免税申请人或者其他依法承当纳税义务的主体应当自资产清算之日起30日内向海关申请办理减免税货物的补缴税款和解除监管手续。上述有关权利义务承受人、当事人未按照有关规定办理，将会被按违反海关监管规定予以处罚，严重者甚至会被追究刑事责任。
        十一、减免税货物转让的规定
       《办法》规定，减免税申请人将进口减免税货物转让给进口同一货物享受同等减免税优惠待遇的其他单位的，可以申请办理减免税货物结转手续，无需补缴税款；如将减免税货物转让给不享受进口税收优惠政策或者进口同一货物不享受同等减免税优惠待遇的其他单位的，则应当申请办理减免税货物补缴税款和解除监管手续。
       转让减免税货物是否需要补税，或者能否办理结转手续，主要看受让方在接受转让时假如直接从境外进口相同货物能否享受同等的减免税优惠待遇，即主要看两个关键因素，一是时间因素，必须是转让发生时受让方可以享受的待遇；二是同等的减免税优惠待遇，而不是同等的政策，理由是同等的税收优惠政策由于时间的不同会造成实际享受的优惠待遇是不同的，再者是虽然享受的是不同的税收优惠政策，但实际享受到的减免税优惠待遇却是相同的，因此，《办法》不限定必须是相同的政策，而是相同的优惠待遇。
        十二、移作他用的规定
       一直以来，海关管理的有关法律法规、规章及规范性文件，只是规定作为海关监管货物的减免税货物，在海关监管年限内，未经海关许可，减免税申请人不得擅自将减免税货物移作他用，但对于减免税申请人提出申请后海关如何处置缺乏正面规定，成为海关减免税执法中的空白。因此，移作他用问题未能像减免税货物转让、抵押问题得到较好的解决。随着社会、经济的发展和市场竞争日益激烈化，作为竞争主体的企业在生产经营中遇到的情况越来越复杂，需要随时根据经营环境、市场形势的变化对经营活动作出调整，在这种情况下，企业将减免税货物移作他用的可能性和急迫性日益增加，迫切需要海关对移作他用作出正面的规定。为此，《办法》对减免税货物移作他用作了较明确的原则规定。
        《办法》第三十条对移作他用涉及的具体情形作了概括性定义，明确了移作他用不仅包括减免税申请人将进口减免税货物交给其他单位使用的行为，也包括使用人仍是减免税申请人，但其使用减免税货物的领域不符合税收优惠政策规定的特定用途，因而在事实上丧失了享受税收优惠政策条件的行为。
       同时，《办法》对移作他用的补缴税款事项也作了明确规定，即减免税货物经海关核准移作他用的，减免税申请人应当按照移作他用的时间补缴税款。但对于像《科技开发用品免征进口税收暂行规定》（财政部、海关总署、国家税务总局第44号令公布）、《科学研究和教学用品免征进口税收规定》（财政部、海关总署、国家税务总局第45号令公布）等明确规定经海关核准后可以无需补缴税款用于其他单位的科学研究和教学活动的科研教学用品、科技开发用品，以及海关总署明文规定无需补缴税款的其他情况可以不用补缴税款。
        为了保证国家税收安全，《办法》还规定，对于减免税申请人无法事先确定移作他用时间的，应当提交相应的税款担保，且税款担保不得低于剩余监管年限应补缴税款总额。
        十三、移作他用的补税计算公式
       由于移作他用并未转移货物所有权，而且在特殊情况下减免税申请人可能发生多次的移作他用行为，无法按照转让货物所有权或者主体变更等情况，简单地按照减免税货物已进口时间与监管年限的比例进行折旧计算移作他用行为需要补征的税款。为此，《办法》专门针对减免税申请人未转让减免税货物所有权，仅将减免税货物移作他用的情形，规定了移作他用补征税款的计算公式，该公式明确了需要补征的税款是按照移作他用的实际时间占减免税货物监管年限的比例进行计算的。